هرچند به طور دقیق نمی‌توان گفت اولین کتابفروشی ایران به شکل و تعریف مدرن آن کدام کتابفروشی است و در چه سالی تأسیس شده است، اما شکل‌گیری نهاد کتابفروشی در ایران بر پشتوانه سرمایه‌گذاری افراد (در اوایل عمدتا تجار) و به صورت مستقل بوده است.
فردی با سرمایه شخصی خود کتابفروشی را تأسیس نموده و بعد از مدتی چه بسا نسلی بعد از نسل توسط فرزندان و نوادگانش حیات آن کتابفروشی استمرار داشت.
در یک قرن اول شکل‌گیری کتابفروشی‌ها عموما میان سه بنگاه چاپخانه، ناشر و کتابفروشی فاصله کمی بود و در بسیاری از مواقع این سه یکی بود. هرچند مدتها می‌گذرد و تا حدی تعاریف مشخص‌تر و تفکیک کار و فعالیتهایی صورت می‌گیرد اما هنوز نیز بعد از گذشت زمان طولانی شاهد فعالیتهای موازی هستیم.
از قدیمی‌ترین نمونه کتابفروشیهای بجای مانده در ایران می‌توان از کتابفروشی اسلامیه یاد نمود که توسط میرزا محمدعلی شیرازی در تهران تأسیس می‌گردد. او کتابفروشی خود را از اوایل قرن ۱۴ قمری در تیمچه حاجب الدوله تاسیس می‌کند، این کتابفروشی بعدها به جهت عمده فعالیتهایش که در حوزه کتب اسلامی بودو نام اسلامیه را بر می‌گزیند و تا به امروز نیز در خیابان پانزده خرداد تهران پابرجا و مشغول به فعالیت است.
کتابخانه گنج دانش نیز از جمله کتابفروشیهای قدیمی ایران است که از دوره قاجار تا به امروز پابرجا و مشغول به فعالیت است.
به هر روی کتابفروشیهای مستقل، قدیمی‌ترین شکل کتابفروشی در ایران و جهان به شمار می‌روند و در مسیر این سابقه دیرین ریشه در فرهنگ و اجتماع دارند.
کتابفروشی‌ها ورای فعالیت اقتصادی خود وبه دنبال آن توسعه کتاب و کتابخوانی، بدون شک از اولین محافل فکری ونوگرایی روزگار پیش و پس از مشروطه بوده‌اند.
از مشهورترین این پاتوق‌ها باید از کتابفروشی تربیت تبریز نام برد. این کتابفروشی در سال ۱۳۱۶ق./۱۲۷۷ش. با شراکت محمدعلی تربیت، سید حسن تقی‌زاده، سیدحسین خان عدالت و آقا سید محمد شبستری معروف به ابوالضیاء و با مدیریت میرزا رضا خان تربیت برادر محمدعلی تربیت در جلوی مدرسه طالبیه تأسیس می‌گردد.
بانیان این کتابفروشی نه تنها خود از سردمداران آزادی‌خواهی و تجددطلبی بودند، بلکه فضای داخلی کتابفروشی نیز به گونه قابل توجهی روشنفکرانه و تجددمآبانه بود.
با نگاهی به اولین لیست کتابهای موجود در این کتابفروشی با طیف جدیدی از رومانهای معاصر اروپایی وکتابهای تئاتر برخورد می‌کنیم. همچنین مجموعه متنوعی از کتابهایی که به زبانهای ترکی، فرانسه، عربی، انگلیسی و روسی در این کتابفروشی جای گرفته‌اند، آنهم در کنار عناوین زیادی از جراید داخلی و خارجی منتشره در لندن، مصر، قفقاز، کلکته، استانبول و … که همه اینها در کنار هم، کتابفروشی تربیت را تبدیل به محلی کاملا مناسب برای گعده‌های روشنفکران آن روزگار تبریز کرده بود.
از همین رو بود که این کتابفروشی در ۲۳ جمادی الاولی سال ۱۳۲۶ قمری به دست ارتجاعیون و اراذل و اوباش مورد حمایت رحیم‌خان قره‌داغی غارت و سپس طعمه آتش شد. و بانیان آن نیز هرکدام به سمتی خارجی از ایران متواری و آواره شدند.
درباره پاتوق بودن کتابفروشی‌ها بد نیست که نگاهی نیز به مقاله سرکار خانم طرفه ابطحی با نام «بررسی مراکز انتشاراتی و کتابفروشیهای پاتوق» منتشره در مجله فرهنگ مردم (ویژه تهران)، سال ۱۶، شماره ۵۷، ۵۸ صص. ۲۳-۳۵ بیندازید.
این نوع از کتابفروشی‌ها حال چه در راسته‌ها و بازارهای اصلی و چه در محلات و به شکل پراکنده از اهمیت فوق‌العاده‌ای در توسعه کتاب و کتابخوانی برخوردار بوده و است.
استمرار فعالیتهای کتابفروشی‌ها و همچنین توسعه کتاب و کتابخوانی در ایران به شکل قابل توجهی وامدار سبک سنتی اداره این نوع از کتابفروشی‌هاست. پدرپیشگی و انتقال تجربه‌های فردی در کنار انتقال ارتباطات اجتماعی و فرهنگی شکل گرفته در این نوع از مراکز، از مهمترین مزیت‌های این کتابفروشی‌هاست. قاعده‌ای که امروز نیز در بسیاری از کتابفروشیهای مستقل و چه بسا مدرن امروز نیز می‌بینید. نسلی که تجربه و فوت و فن این حرفه را از پدر اخذ کرده و به پسر خود نیز منتقل می‌کند.
این شکل از مدیریت موجب گردیده که در کنار انتقال تجارب ارزشمند حرفه‌ای، احترام، مقبولیت و ارتباطاتی که در جامعه فرهنگی از نسل‌های پیشین برجای مانده همانند ارثی ماندگار در قالب سرمایه اجتماعی عظیم به نسل بعد منتقل گردد.
بسیاری از ماها در شهر و محله خود خاطرات خوب و به یادماندنی از این نوع کتابفروشی‌ها داریم. مطالعه نوشته‌های افرادی چون سید ابوالقاسم انجوی شیرازی با نام «حدیث کتابفروشان» از کتابفروشیهای بین الحرمین تا مقابل دانشگاه و یا یادداشت استاد محمدرضا شفیعی کدکنی با نام «مشهد و کتابفروشیهای پنجاه سال پیش» و دهها یادداشت دیگری که در دو جلد کتاب ارزشمند «کتابفروشی» که به خواستاری مرحوم استاد ایرج افشار چاپ و منتشر شده است، مؤیدی قوی بر تأثیرگذاری این نوع از کتابفروشی‌ها در سابقه فرهنگی و اجتماعی ایران است.
سالیان سال در ایران تنها شکل کتابفروشی به معنای واقعی و مشخص آن تنها در یک قالب و آن کتابفروشی مستقل بود.
این کتابفروشی‌ها، یکی از بزرگترین سرمایه‌های فرهنگی، میراثی و اجتماعی ما ایرانیان بوده و هستند و با کمال تاسف ما از پس سالها با بی‌اعتنایی و بی‌توجهی غیرآگاهانه و بسا آگاهانه و عامدانه به طرز فجیعی این نوع از کتابفروشی‌ها را در معرض نابودی و انقراض قرار داده‌ایم.
فقط کافی است به محله و شهر خودمان نگاهی از سر تفکر بیندازیم و ببینیم که چه تعداد کتابفروشی در دوران کودکی و جوانی و نوجوانی پیرامون ما بود و با کمال تأسف امروز دیگر نیست؟
البته که تعطیلی کتابفروشی‌ها محصول فرایندهای مختلفی در گستره تاریخ حیات آنها و متاثر از عوامل متعددی است. اما کاملا مشخص است که ما با بی‌توجهی به اهمیت این نهاد ارزشمند و عدم حمایت از آنها به شکل‌های مختلف در این خبط عظیم فرهنگی و تاریخی سهیم بوده‌ایم.
در حالی که در بسیاری از کشورهای دنیا با تشکیل کمپین‌های مختلفی شعار حمایت از کتابفروشیهای مستقل سرداده می‌شود ما با بی‌توجهی روزنه‌های امید کتابفروشیهای مستقل و قدیمی را یکی پس از دیگری کور و ضرب آهنگ انحطاط آنها را تندتر می‌نمائیم.
حمایت از کتابفروشیهای مستقل و بالاخص آنهایی که سابقه تاریخی و جنبه‌های میراثی دارند قطعا این یک مسئولیت اجتماعی، یک وظیفه انسانی، ملی، فرهنگی و میراثی است.
در یکی دو دهه اخیرا و با رشد انوع دیگر کتابفروشی که البته بخشی از آن را گریزی نیست، بی‌تفاوتی و بی‌توجهی ما به این نوع از نهادها دو چندان شده است. تا جایی که دولتها هم یکی بعد از دیگری نه تنها یار شاطر و قدردان نبوده‌اند، بلکه با اشتباهاتی مهلک و دخالتهایی بی‌مورد روز به روز به تضعیف هرچه بیشتر این نهادهای مولد اقتصادی و فرهنگی بیشتر دامن زده‌اند.
تا جایی که امروز دولت به تنهایی یک از دلایل اصلی ورشکستگی و اضمحلال کتابفروشی‌ها گردیده است.