مشهورترین دسته‌بندی کتابفروشی‌ها در دنیا به دو گونه کتابفروشی‌های مستقل(Independent bookstore) و کتابفروشی‌های زنجیره‌ای (bookstore chain) است.
کتابفروشی‌های مستقل خرده‌فروشی‌هایی هستند که عموما یک فروشگاه دارند در حالی که در برابر آنها یعنی کتابفروشی‌های زنجیره‌ای متعلق به شرکت‌های بزرگی (Holding) هستند که اغلب بخش های دیگری بجز کتابفروشی هم دارند.
از قدیمی‌ترین کتابفروشی‌های مستقل میشود به کتابفروشی شکسپیر و شرکا در پاریس اشاره کرد و از مشهورترین کتابفروشی‌های زنجیره‌ای هم از بارنز اند نوبل ایالات متحده آمریکا می‌توان یاد نمود.
در حال حاضر چالش‌های فراوانی میان کتابفروشی‌های مستقل و زنجیره‌ای وجود دارد. کتابفروشی‌های مستقل نگاه خصمانه‌ای به کتابفروشی‌های زنجیره‌ای دارند و این نگاه تا حد زیادی به جامعه مخاطب کتابفروشی‌ها (نویسندگان، خریداران کتاب، باشگاه‌های کتابخوانی و …) نیز تسری پیدا کرده است. تا جایی که حمایت از کتابفروشی‌های مستقل در برابر کتابفروشی‌های زنجیره‌ای در بسیاری از کشورها در حال تبدیل شدن به یک مسئولیت اجتماعی است.
کار و زار حمایت از کتابفروشی‌های مستقل در جهان تا بجایی پیش رفته که به همین مناسبت در آمریکا آخرین شنبه ماه آوریل در کشور به روز کتابفروشی مستقل (IBD) نامگذاری و معرفی شده است.
در لندن هفته کتابفروشی‌های مستقل از ۱۹ ژوئن تا ۲۶ ژوئن توسط انجمن کتابفروشان برگزار میشود. کمپین کتابفروشی خود را دوست بدار نیز همه ساله در ۸ اکتبر هر سال به ابتکار انجمن کتابفروشان استرالیا در سراسر این قاره کوچک در حمایت از کتابفروشی‌های مستقل برگزار می‌گردد.
بسیاری از کتابفروشان مستقل و طرفداران آنها معتقدند که شرکت‌های بزرگ و سرمایه‌دار با راه‌اندازی کتابفروشی‌های زنجیره‌ای به گونه‌ای مافیایی بازار کتاب را قبضه کرده و مانع از رشد و استمرار حیات کتابفروشی‌های باسابقه، محلی و مستقل هستند.
در نظر داشته باشید که کتابفروشی‌های مستقل از سابقه تاریخی و میراثی نیز برخوردارند و در گذشته‌ای نه تنها دور این کتابفروشی‌های مستقل بوده‌اند که پاتوق اهالی کتاب و بسیاری از نویسندگان و مترجمان بوده‌اند و به نوعی علاقه مردم و اهالی کتاب به این کتابفروشی‌ها نیز که محافل به مراتب دوستانه‌تری نسبت به کتابفروشی‌ها خشک و بی‌روح زنجیره‌ای دارند نیز مطرح است.
بر اساس گزارش‌های متعدد آماری البته پیش از شیوع پاندومی که تاثیرات مخربی بر روی بسیاری از کسب و کارهای خرد و مستقل داشته است، عموما آمار کتابفروشی‌های مستقل در آمریکا رو به افزایش بود. اوضاع در بریتانیا و ایرلند نیز بر همین منوال بوده است.
بنابر گزارش انجمن کتابفروشان انگلستان تعداد کتابفروشی‌های مستقل از ۸۸۳ کتابفروشی در سال ۲۰۱۹ به ۹۶۷ کتابفروشی در سال ۲۰۲۰ رسیده است. افزایشی که البته در سالهای قبل نیز به همین شکل استمرار داشته است.
اما در ایران، دسته‌بندی کتابفروشی‌ها با معیار جهانی آن تا حد زیادی متفاوت است. این تفاوت ریشه در دلایل مختلفی دارد.
مثلا حضور ناشران در عرصه فروش کتاب، که از دیرباز وجود داشته و حاکم بر بازار نشر بود موجب گردیده که شکل جدیدی از کتابفروشی با نام ناشرکتابفروش در ایران ایجاد شود، اتفاقی که در بسیاری از کشورهای توسعه یافته کمتر و یا اصلا دیده نمی‌شود.
مسئله دیگر دخالت بیش از حد دولت‌ها بالاخص بعد از انقلاب در امور فرهنگی است. از آنجایی که کتاب در ایران پیش از آنکه یک موضوع اقتصادی و یا مرتبط با توسعه دانش باشد، یک مقوله کاملا فرهنگی است.
از این رو ممیزی پیش از نشر از یک سو و دخالت نهادهای دولتی به اصطلاح متولی در امور فرهنگی از سوی دیگر موجب آن گردیده که بازار نشر و کتاب به نوعی تبدیل به یک بازار وابسته به نفت و یارانه‌های دولتی گردد.
در این میان شکل دیگری از کتابفروشی‌ها که در هیچ کجای دنیا دیده نمی‌شود با نام کتابفروشی‌های دولتی و شبه دولتی هم در ایران تشکیل و توسعه یافته است.
به طور کلی دسته‌بندی کتابفروشی‌های ایران را می‌توان به چهار گروه زیر تقسیم نمود:
۱- کتابفروشی مستقل
۲- ناشرکتابفروش
۳- کتابفروشی‌های زنجیره‌ای
۴- کتابفروشی‌های دولتی و شبه دولتی